Настоящее имя актрисы — Милена Марковна Кунис. У Милы гетерохромия: один глаз зеленый, другой — светло-коричневого цвета. Милена Марковна Кунис родилась в Черновцах, Украина. Её семья была еврейской, поэтому боясь антисемитизма они решили сменить гражданство на американское. Её мать Эльвира — учитель физики и заведующая аптекой, отец Марк — инженер-механик и руководитель компании такси-услуг. У неё есть старший брат Михаил. В 1991 году Кунис вместе с родителями эмигрировала в Лос-Анджелес.

По словам Кунис, переехать ей позволила диверсификационная лотерея, широко известная под названием Green Card Lottery: "Всё заняло около 5 лет. Сначала вас выбирают в 1 раунде, и вы отправляетесь в Москву, где проводится ещё одна лотерея, и, возможно, вас выберут снова. Потом вы отправляетесь в Штаты". В свой второй день в Лос-Анджелесе Мила была зачислена в начальную школу Роузвуд, притом что она не знала ни слова по-английски. "У меня вытеснились из головы воспоминания о 2 классе, — рассказывала она. — Я мало что помню, но мама говорила, что я каждый день возвращалась домой в слезах. Это не был травмирующий опыт, это просто был шок… Я не понимала культуру, я не понимала людей, я не понимала язык. В своём эссе при поступлении в колледж я описала это как „представьте, что в семь лет вы вдруг стали глухой и слепой“. Примерно так я себя и ощущала, когда переехала в Штаты".