Маккеллен родился в Бернли, графства Ланкашир, Великобритания, хотя он провёл большую часть своей молодости в Уигане. Вторая мировая война, начавшаяся вскоре после его рождения, оказала на него большое влияние. В ответ на вопрос в интервью, когда репортёр отметил, что он кажется весьма спокойным после 11 сентября, он сказал: «Ну, дорогой, вы забываете — я спал под стальной плитой, когда мне не было и четырёх лет» [имеется в виду металлический столик, под которым спал Маккеллен в период немецких бомбёжек севера Великобритании.Отец Маккеллена, Денис Мюррей Маккеллен, инженер-строитель, был непосвящённым проповедником, и оба его дедушки тоже были проповедниками. Во время рождения Иэна у его родителей уже была пятилетняя дочь, Жан. Его домашняя обстановка была решительно христианской, но не ортодоксальной.Учился в школе Болтон для мальчиков, где участвовал в любительских школьных театральных постановках и до сих пор поддерживает её, регулярно общаясь с учениками. Актёрская карьера Маккеллена началась в театре Bolton Little Theatre, покровителем которого он сейчас является. Раннее увлечение театром было следствием посещения спектакля «Питер Пэн» с родителями в Manchester Opera House, когда ему было три года.