Настоящее имя актёра — Эйдан Мёрфи. Гиллен родился в городском районе Драмкондра, в Дублине, Ирландия. Закончил школу "St. Vincent’s C.B.S." [англ.], в Гласневине. В 2001, женился на своей подруге Оливии О’Флэнаган. В настоящее время пара проживает в Ирландии, вместе со своими двумя детьми Берри [родился в 1997] и Джо [родился в 2000]. В 2009, когда Гиллен был удостоен премии "Irish Film and Television Awards" [англ.] за свою роль в телесериале "Прослушка", он посвятил эту победу Оливии и своим детям.

Актёрскую карьеру начал в возрасте 16 лет, еще в Дублине [Dublin Youth Theatre] ролью ткача "Основа" в пьесе Шекспира "Сон в летнюю ночь". Впоследствии переехал в Лондон. Наиболее известен своей ролью Стюарта Джонса в телесериале телекомпании "Channel 4". Близкие друзья и ролью мэра Балтимора Томми Карцетти в телесериале "Прослушка" компании "HBO". За роль в сиквеле "Близкие друзья 2", в 2000 был номинирован на премию "British Academy Television Award" как "Лучший актёр".