Эмилия Кларк родилась в Лондоне, детство она провела в Беркшире. Отец её работал звукорежиссером, так что с ранних лет Эмилия привыкла к театру. Играть она начала также благодаря отцу, вернее, после того, как посмотрела мюзикл "Show Boat", над которым он работал в то время. Тогда Кларк было всего три года.
После окончания престижной школы St.Edward’s School в Оксфорде молодая актриса поступила в школу актерского искусства Drama Centre London, которую успешно закончила в 2009-м году.
На телеэкранах Эмилия впервые появилась в 2009-м году, когда получила небольшую роль в сериале "Doctors". Несмотря на то, что съемки отнимали у девушки большую часть свободного времени, она все еще успевала учиться в драматической школе и не слишком отставать от других учеников. В 2010-м году начинающую актрису пригласили на съемки фильма "Triassic Attack", в котором она сыграла роль Саванны [Savannah] – молодой девушки, вынужденной противостоять неожиданно ожившим динозаврам.
Впрочем, самой большой ролью девушки стала роль Дейенерис Таргариен [Daenerys Targaryen] в "Игре престолов" [Game of Thrones] – сериале, основанном на серии книг "A Song of Ice and Fire", автором которой является знаменитый американский писатель-фантаст и сценарист Джордж Мартин [George R. R. Martin].

Изначально планировалось отдать роль другой актрисе, Тамзин Мерчант [Tamzin Merchant], но в последний момент, за несколько недель до начала съемок, девушка сама отказалась от этой роли, предоставив Эмилии шанс показать себя.
И она его не упустила! Уже после нескольких серий создатели подписали с актрисой контракт, по которому она будет сниматься и во втором сезоне сериала. Впрочем, не так легко дается актрисе работа в проекте: так, к примеру, особую сложность вызвал эпизод, в котором героиня оказывается обнаженной. Долго девушка решалась на этот шаг, но все же перешагнула через себя. Как она впоследствии призналась в интервью, родители не сильно ругали ее за это, понимая, что это работа, а младший брат... в общем-то даже и не узнал об этом инциденте. С каждым днем популярность актрисы растет, хоть никто точно не знает, как точно лягут карты судьбы, но большинство критиков соглашаются, что у такой актрисы, как Эмилия Кларк – большое будущее.