Полное имя актёра — Дженсен Росс Эклс. У Дженсена ирландские, английские и шотландские корни. Родился в семье актёра Алана Эклса и Донны Джоан Шеффер. Родители назвали сына Дженсеном, так как считали это имя редким. У Дженсена есть старший брат Джошуа [1975 г. р.] и младшая сестра Маккензи [1985 г. р.].

В 1990 году Дженсен Эклс закончил начальную школу Дартмут в Ричардсоне [Техас], затем он перешёл в среднюю школу Аполло, которую окончил в 1993 году, а закончил он среднее образование в школе Беркнера в 1996 году. После окончания школы Дженсен собирался поступать в Техасский университет на физиотерапевта, но потом решил стать актёром и переехал в Лос-Анджелес.

Первый опыт Дженсена на театральной сцене состоялся в июне 2007 года. Дженсен выступил на сцене театра "Casa Manana" [Техас] вместе с Лу Даймондом Филлипсом в спектакле "Несколько хороших парней". Он сыграл роль лейтенанта Дэниэла Кэффи.