Родилась в семье аргентинского кинорежиссёра Мигеля Бежо. Актёрский дебют Бежо состоялся в 1996 году, когда она сыграла Лоуренс во французском телефильме "Истории мужчин". Первая крупная роль в кино пришла к Бежо в 2000 году; актриса исполнила роль Лаетитии Рэнс в драме Жерара Жюньо "Мечта всех женщин", за что удостоилась положительных отзывов от мировых кинокритиков и была номинирована на премию "Сезар" в категории "Наиболее перспективная актриса". В 2002 году, во время президентских выборов во Франции, поддерживала Лионеля Жоспена.

Беренис Бежо замужем за французским кинорежиссёром Мишелем Хазанавичусом. У пары есть двое детей: сын Люсьен и дочь Глория. В 2011 году Беренис Бежо снялась в немой комедии своего мужа "Артист", где её партнёром по съёмочной площадке был Жан Дюжарден. Фильм был благоприятно воспринят большинством мировых кинокритиков и собрал множество призов и наград. Сама Бежо была номинирована на премии "Оскар", "Золотой глобус", Гильдии киноактёров США и BAFTA.